Thứ nhất, mức bồi thường, hỗ trợ chưa thỏa đáng       
Với người nông dân thì nguồn thu nhập chính cũng được tạo ra trên những mảnh đất nông nghiệp nên khi mất đất họ phải chuyển đổi ngành nghề, cuộc sống gặp vô vàn khó khăn. Tuy nhiên, người dân được bồi thường, hỗ trợ với mức rất thấp, không đảm bảo cuộc sống cho bản thân và gia đình. Có thể kể đến việc thu hồi đất nông nghiệp tại phường Ninh Xá, thành phố Bắc Ninh, tỉnh Bắc Ninh để thực hiện dự án xây nhà ở để bán. Khi thu hồi đất, người dân được bồi thường đất với giá vô cùng rẻ mạt nhưng cán bộ lại tiến hành mua đi bán lại với giá cao để hưởng chênh lệch. Sự việc gây bức xúc lớn trong nhân dân dẫn đến khiếu kiện lên các cơ quan Nhà nước có thẩm quyền để đòi quyền lợi của mình nhưng cán bộ bao che cho nhau, yêu cầu của người dân không những không được giải quyết mà còn bị đe dọa, xúc phạm. Hay việc thu hồi đất tại thôn Minh Khai, thị trấn Như Quỳnh, Huyện Văn Lâm, tỉnh Hưng Yên đã có nhiều hộ không đồng ý với mức bồi thường, hỗ trợ do chính quyền không tiến hành lấy ý kiến của dân về phương án bồi thường. Do đó, khi tiến hành bồi thường đã gặp phải sự phản đối quyết liệt của người dân.
Thứ hai, cơ quan có thẩm quyền vi phạm trình tự, thủ tục thu hồi đất. Điều 69 Luật đất đai 2013 đã quy định cụ thể trình tự, thủ tục thu hồi đất. Tuy nhiên, khi áp dụng pháp luật, các cơ quan có thẩm quyền thu hồi đất vẫn có những sai phạm.
 Có thể kể đến trường hợp Thu hồi đất tại thôn Minh Khai, thị trấn Như Quỳnh, huyện Văn Lâm, tỉnh Hưng Yên để thực hiện dự án đầu tư xây dựng hạ tầng kỹ thuật Cụm công nghiệp Minh Khai mở rộng. Cơ quan có thẩm quyền  không tiến hành gửi thông báo đến từng hộ có đất bị thu hồi; không tổ chức lấy ý kiến trực tiếp của người dân về phương án bồi thường, hỗ trợ; không tổ chức kiểm đếm, thống kê hoa màu trên đất; ra quyết định thu hồi đất và quyết định phê duyệt phương án chi tiết bồi thường hỗ trợ không trong cùng một ngày…. Lợi dụng việc những người nông dân kém hiểu biết pháp luật cơ quan có thẩm quyền thu hồi đất đã bỏ qua những bước cơ bản cho thấy sự yếu kém về quản lý, thiếu công khai, minh bạch giữa cơ quan công quyền với người nông dân.
Thứ ba, thu hồi đất không đúng thẩm quyền
Theo quy định pháp luật về đất đai, thẩm quyền thu hồi đất thuộc về Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh và Uỷ ban nhân dân cấp huyện nhưng có rất nhiều trường hợp thu hồi đất không đúng thẩm quyền có thể kể đến trường hợp thu hồi đất tại Bắc Ninh. Theo đơn trình bày của các hộ dân ở phường Đồng Kỵ, TX Từ Sơn, tỉnh Bắc Ninh thì năm 2012 Chủ tịch Uỷ ban nhân dân tỉnh Bắc Ninh đã ban hành 2 quyết định thu hồi đất nông nghiệp của người dân nơi đây để thực hiện dự án xây dựng hạ tầng kỹ thuật khu đô thị và xây dựng hạ tầng kỹ thuật thể thao, trường học,công trình công cộng khu đô thị tại Đồng Kỵ. Việc thu hồi đất không đúng thẩm quyền cho thấy Chủ tịch Uỷ ban nhân dân tỉnh Bắc Ninh đã không thực hiện đúng chức năng, nhiệm vụ, quyển hạn của mình dẫn đến tình trạng cán bộ”vượt quyền”, lợi dụng để trục lợi cho bản thân.
Trong những năm qua, thu hồi đất là vấn đề mang tính thời sự, thu hút sự quan tâm của Nhà nước và toàn xã hội. Những vụ việc nêu trên là những ví dụ rất nhỏ, thực tế hầu hất các trường hợp thu hồi đất đều xảy ra sai phạm, có những sai phạm rất cơ bản, rõ nét nhưng chính quyền vẫn thờ ơ không giải quyết quyền lợi cho người dân, cán bộ bao che cho nhau. Người dân bất bình với những sai phạm dẫn đến tình trạng người dân không giao đất, giao đất chậm, khiếu kiện kéo dài làm cho quá trình thu hồi đất diễn ra chậm trễ, các dự án không kịp tiến độ…ảnh hưởng rất lớn đến cuộc sống của người dân, tiến độ dự án của nhà đầu tư. Cán bộ cửa quyền, chèn ép người dân, không thực hiện đúng chức năng nhiệm vụ, quyền hạn của mình không những mất lòng tin trong dân mà cho thấy một hệ thống quản lý yếu kém, đầy tiêu cực. Vì vậy, cần xây dựng bảng giá các loại đất sát với giá thị trường là tạo điều kiện thuận lợi trong công tác đền bù giải phóng mặt bằng, sẽ hạn chế rất nhiều các tranh chấp, khiếu nại, khiếu kiện liên quan đến tranh chấp bồi thường, đền bù đất đồng thời tránh được thất thu cho ngân sách Nhà nước. Đồng thời, cần đào tạo đội ngũ cán bộ có kiến thức pháp luật, chuyên môn nghiệp vụ, có đạo đức, thấu hiểu được những nỗi khổ của người nông dân có đất bị thu hồi.